Cursos de Genómica microbiana en Santa Cruz

La genómica y metagenómica microbianas combinan tecnologías de secuenciación y análisis computacional para perfilizar comunidades microbianas, caracterizar genomas y detectar rasgos funcionales como la resistencia a los antimicrobianos.

Este curso dirigido por instructores (en línea o en sitio) está destinado a investigadores y bioinformáticos de nivel principiante a intermedio que desean realizar análisis práctico de datos de secuenciación genómica y metagenómica microbianas.

Al final de este curso, los participantes serán capaces de:

• Describir flujos de trabajo de secuenciación comunes y formatos de archivo clave utilizados en la genómica microbiana.
• Realizar el control de calidad y preprocesamiento de lecturas NGS crudas.
• Realizar perfiles taxonómicos utilizando enfoques basados en marcadores y k-meros.
• Ensamblar y anotar genomas microbianos y plásmidos.
• Detectar SNPs, construir filogenias e interpretar la estructura poblacional.
• Predecir genes de resistencia antimicrobiana y resumir perfiles funcionales.
• Usar flujos de trabajo reproducibles con Conda, Docker y informes basados en cuadernos.

Formato del curso

• Lecciones que introducen conceptos y herramientas (20%).
• Sesiones prácticas con conjuntos de datos de ejemplo (60%).
• Discusiones abiertas y análisis guiados para que los participantes puedan aplicar métodos a sus propios datos (20%).

Opciones de personalización del curso

• Para solicitar un taller personalizado enfocado en metagenómica clínica, ambiental o industrial, por favor contáctenos para hacer los arreglos necesarios.